破壁问题
有人认为食用蜂花粉不易被消化，因为成熟的蜂花粉处壁质地坚固，具有耐酸、耐碱和抗生物分解的特性，人的消化液无法破坏这层“盔甲”，不能完全吸收利用花粉中丰富的营养物质，一部分营养物质随粪便排出，所以开发利用蜂花粉应对其进行破壁处理。破壁的方法主要有发醇破壁法、温差破壁法和机械破壁法。另一种观点认为，花粉破壁虽然坚固，但每一蜂花粉粒均具有萌发器官，食用后其营养成分完全可以从萌发孔释放出来，不会妨碍人们对花粉营养物质的吸收，破壁不破壁并无多大作用，对吸收利用并无多大影响。
权威结论证实，蜂花粉是否需要破壁应根据不同使用目的及加工产品的需要而定，如加工化妆品等外敷产品，还是以破壁花粉为好，使其所含营养成分充分地释放出来，便于皮肤吸收。此外，婴幼儿花粉食品使用破壁蜂花粉效果也较好。而成人食用或加工成人食品，就不一定进行破壁，这不但能减少加工环节，而且有花粉壁保护，营养成分不易氧化和破坏，可延长产品存放期及提高使用效果。由此可以断定，消化能力正常的成年人及青少年完全可以直接食用天然蜂花粉，不必过多考虑破壁问题。
过敏问题
个别人食用花粉后会产生过敏反应，其原因除自身因素外，个别品种的蜂花粉含有一定的过敏物质（一种蛋白质），可对个别人造成过敏反应，故对花粉进行加工时，应对其作脱敏处理。不过，绝大部分品种的蜂花粉并不含有过敏物，市售的蜂花粉产品也大都做过脱敏处理，广大消费者不要有过多的担心。据统计，仅有十万分之一的服用者对蜂花粉有过敏反应。鉴此，在食用没脱敏处理的天然花粉时，尤其是那些过敏全质者初次食用蜂花粉时，可先尝食少量（如1～2克），如无大碍时可逐渐增加食用量，做到循序渐进依次递增，这样可有效的防范过敏。
灭菌问题
蜂花粉在采收前的花朵上时常有虫媒采访，从而遗留下一些虫卵，加之在收集、干燥及贮存过程中也易遭受细菌感染，故对蜂花粉进行灭菌处理是很有必要的。蜂花粉灭菌方法比较多，主要有乙醇灭菌法、微波炉灭菌法、远红外线灭菌法、钻60辐照法、蜂胶溶液喷洒法、冷冻法、化学试剂法等。平时应用比较多的方法主要有以下几种，现作简要介绍。第一，乙醇灭菌法：乙醇灭菌法就是用70%～80%的乙醇喷洒或浸泡蜂花粉，达到均匀即可，该方法简单，有一定的效果。乙醇的用量和浓度与灭菌效果有直接关系，应根据蜂花粉含水量来确定使用乙醇的浓度。蜂花粉的含水量越高，使用乙醇浓度越高。蜂花粉与75%乙醇以20克/毫升的比例，对细菌灭菌效果较好；蜂花粉与85%乙醇以10克/毫升的比例，对霉菌灭菌效果罗好。第二，微波炉灭菌法；用微波炉处理蜂花粉，其灭菌原理除热效应用外，光化学效应、电子共轭效应和磁力共轭效应均对细菌有着创伤和灭菌作用，从而达到彻底灭菌的目的，同时可达到干燥的目的，且对蜂花粉有效成分的破坏也很少，具有清洁、安全、迅速等优点。操作方法可参照微波炉使用说明，每次投料不可过多，以500克左右为宜，以低频1～1.5分钟为好，反复二次。第三，冷冻法：新鲜蜂花粉在-18℃的低温下冷冻1～3天，可杀死蜡螟虫及其他寄生虫。