(一)混杂
蜜蜂的交尾活动是在空中进行，婚飞半径可达5-8公里，而且处女蜂王喜与外场的异种雄蜂交尾，这是造成种群混杂的主要原因。其次，是蜂场在育王时，没进行有效选种，雄蜂多是养蜂人员检查蜂群时漏网的幸存者，从而导致蜂群混杂，良种种性退化。
(二)高度近亲繁殖
由于受养蜂场地的限制(如大山区)或蜂群过小，又过分强调“纯繁”，面形成高度近亲繁殖。由此导致蜂群生活力、繁殖力下降，抗病力减弱，采集能力变低，群势发展不起来，严重影响生产。
(三)不科学育王
在移虫时，虫龄过大(超过20时龄)；哺育群蜂量不足，尤其是哺育蜂数量少，花粉饲料不足，而导致蜂王发育不良。另外，在育王时，母群移虫前基本没有控制蜂王产卵，卵偏小，用这样的小卵孵出来的幼虫育王，一般处女王的生产均达不到指标，产卵力越来越低。加上种用雄蜂未径专门选择、培育，父群饲料不足，雄蜂发育不良，蜂王质量也会越来越差。
(四)饲养管理方法失当
不管蜂种的生产力、生物学特性如何，千篇一律采用同一的饲养管理方法，使其优良性不能发挥；管理不当，破坏了蜂群的正常生活秩序，既妨碍幼虫的健康发育，也会妨碍工蜂的正常采集活动和内勤工作。
(五)不良环境条件
许多优良蜂种都需要有与之相适应的地理、蜜源、气候条件，故蜜蜂有“地理宗”、“地理亚宗”以及“生态型”之分。如果在引种、用种时忽视这些条件，而导致蜂群某些优良性能退化进而导致种群退化，也是蜂种退化的原因之一。